医院的微生物控制，是医院空调的另一重要任务。大量事实表明，设计不合理的医院空调，往往成为院内感染的根源之一。微生物污染的控制，经历了从化学消毒，到工业洁净技术，到生物洁净技术的变化历程。 
       化学消毒方法   是对室内和空调系统进行消毒，并在机组和管道内设置若干紫外线灯管。化学消毒剂对人的皮肤、神经系统等，会产生一定的不良影响，且药物残留和紫外线产生的臭氧等对室内的污染甚为严重。 
       工业洁净技术    我国在20世纪70年代后期，开始借助于工业洁净技术这一物理手段来控制微生物污染取，得了一定的效果。尽管控制手段变了，但传统的思维方式没有变化，依然只是将已发生的病菌除掉。一般是在空调系统末端，增设亚高效空气过滤器。大量事实表明，单纯的净化除菌，仍然无法有效控制微生物污染。 
       生物洁净技术    如今，对空气途径的微生物控制要求越来越高，要有效控制微生物污染，只有采用生物洁净技术，因为生物洁净技术旨在建立起一套保障体系，不仅在于**终无菌程度的体现，而在于将**终结果的控制，转变为影响因子的控制，转变为全过程的控制，这是生物洁净技术的关键。只有这样，才可能从根本上****消除空气途径引起的微生物污染。要控制从滋菌发展到微生物污染，需要全方位、全过程地仔细检查系统中可能产生微生物污染的关系链。此关系链通常由3条组成：存在微生物积存的隐患；引发微生物繁殖的因素；具有使微生物从积存地散播给易感人群的途径。 
       生物洁净技术不同于工业洁净技术的一个重要措施，在于从根本上破坏或消除这条关系链，即消除细菌滋生的条件，抑制或降低细菌发生，切断系统所有潜在的污染传播途径。当然，生物洁净技术也采用了与工业洁净技术类似的技术手段，如使用空气过滤的物理方法；依靠气流技术提高室内的无菌程度；并采用压力控制技术，****无菌空间免遭室外污染的侵入。 
       实施以生物洁净技术为中心的综合保障措施，如开发新型空调机组和系统，开发新一代的抗菌材料与产品等，正在探索中。该技术用于医院空调系统将是一种发展趋势。